Občanská válka (1861–1865)
Po absolvování West Pointu byl Custer přidělen k 2. jízdnímu pluku a zúčastnil se prvních bojů občanské války, včetně První bitvy u Bull Run. Během války rychle postupoval, stal se aide-de-campem generála George B. McClellana a později generála Alfreda Pleasontona. V roce 1863 byl povýšen na brigádního generála dobrovolníků a převzal velení Michiganské brigády, známé jako Wolverines. Významně se vyznamenal v bitvě u Gettysburgu, kde jeho brigáda sehrála klíčovou roli v boji proti konfederační jízdě generála J. E. B. Stuarta.