Válka v roce 1812 a raná vojenská služba
Houston vstoupil do armády v roce 1813 a sloužil ve válce proti Británii a jejím indiánským spojencům. Bojoval pod generálem Andrewem Jacksonem v bitvě u Horseshoe Bend, kde byl těžce raněn. Po válce pokračoval v armádě, ale v roce 1818 rezignoval kvůli konfliktům s nadřízenými a věnoval se diplomatické práci s Čerokézy.