Začátky a inženýrská služba (1829–1846)
Po absolvování West Pointu byl Lee zařazen jako ženijní důstojník a sloužil na různých postech, kde se věnoval výstavbě pevností, silnic a vojenských zařízení, například na Fort Pulaski v Georgii a Fort Monroe ve Virginii. V této době se také oženil s Mary Annou Custisovou, pravnučkou Marthy Washingtonové. Jeho práce ženijního důstojníka byla vysoce ceněna a přispěla k rozvoji vojenské infrastruktury USA.