Raný pobyt v Novém světě a služba v Panamě (1502–1523)
Pizarro se v roce 1502 vydal do Nového světa a působil na Hispanioli, kde získal první zkušenosti s koloniální správou a vojenskými operacemi. V roce 1513 doprovázel expedici Vasca Núñeze de Balboy, která jako první Evropané spatřila Tichý oceán z amerického pobřeží. Později se stal blízkým spolupracovníkem guvernéra Pedra Ariase de Ávila v Panamě, kde zastával funkce starosty a soudce Panama City a podílel se na zatčení a popravě Balboy v roce 1519.