Raný vojenský výcvik a rusko-japonská válka
Jamamoto absolvoval císařskou námořní akademii v roce 1904 a během rusko-japonské války sloužil na pancéřovém křižníku Niššin. V bitvě u Cušimy utrpěl vážná zranění, při kterých přišel o dva prsty na levé ruce. Po válce pokračoval ve studiu na Námořní štábní škole a postupoval v hodnostech.